Navalny merupakan keturunan Ukraine dan Rusia. Navalny dibesarkan di Obninsk kira-kira 100 kilometer (62 mi) di barat daya Moscow, beliau menghabiskan masa kecilnya bersama neneknya di Ukraine, dan memperoleh kemahiran dalam bahasa Ukraine. Ibu bapanya, Anatoly Navalny dan Lyudmila Navalnaya, memiliki kilang menenun bakul di kampung Kobyakovo, Moscow Oblast, yang mereka tubuhkan sejak tahun 1994.

Navalny merupakan pemegang ijazah undang-undang dari Universiti Persahabatan Rakyat Rusia, beliau lulus pada tahun 1998. Navalny kemudian mempelajari bidang sekuriti dan pertukaran di Universiti Kewangan di bawah Kerajaan Persekutuan Rusia. Navalny mendapat biasiswa untuk program Yale World Fellows di Universiti Yale pada tahun 2010.